Zum einen könntest du das ganze über die API und ein eigenes Frontend lösen. Du könntest das Image auch zentral auf einem PXE-Server bereitstellen - und über den steuern, ob ein Image per PXE gebootet wird oder von der Festplatte. So kannst du deine Rescue-Images zentral verwalten, ohne ISOs auf alle deine Proxmox-Server zu verteilen. Außerdem könntest du per PXE auch verschiedene Rescue-Systeme bereitstellen und ggfl. auch welche für eine Neuinstallation etc. Nachteil der Lösung ist, dass das System in eine RAM-Disk geladen wird und daher einen Teil des RAMs belegt - das kann bei VMs mit wenig RAM u.U. ein Problem sein. Die RAM-Disk läßt sich aber beschreibbar mounten und dann auch temporär modifizieren.
Bei der ISO-Methode kannst du über ein Union-Filesystem wie OverlayFS über das Dateisystem der ISO eine RAM-Disk legen, in der dann die Änderungen vollzogen werden - hier wird weniger RAM benötigt, weil nur Änderungen in der RAM-Disk landen. So machen es Linux-Live-Systeme wir Knoppix oder Ubuntu - die meisten verwenden aber statt OverlayFS meines Wissens aufs.