Ich compiliere/ersetze den Kernel ständig, wenn ein neuer -git kommt, dabei gibt es aber keine Probleme.
Es reicht nicht aus, nur /boot für einen bestimmten Kernel zu haben.
Das beste ist, wenn man Bedenken hat, überhaupt einfach den alten Kernel und die alten libs/modules sowie Einträge in lilo dazulassen, bis der neue Kernel funktioniert.