Triviale Lösung (sofern genügend Speicherplatz vorhanden ist): Übertragung der Datei, Zieldatei erhält einen Prefix, der das Überschreiben der bisherigen Datei verhindert.
Erst wenn die Datei vollständig und korrekt übertragen wurde (Checksum), wird die vorherige Version gelöscht und die Datei mit Prefix umbenannt.
Das dürfte auch keine Nachteile zum jetzigen Verfahren haben (außer bei akuter Speicherknappheit), da Owncloud - meines Wissens - nicht nur das Delta überträgt sondern vollständige Dateien.
Mein persönlicher Eindruck ist, dass Owncloud wirklich gut ist, die Entwickler allerdings lieber neue Features einbringen, statt die Codebasis zu stabilisieren.
Then again, das ist deren gutes Recht und die können tun und lassen was sie für richtig halten.
Darüber reden sollte man trotzdem dürfen.