Das sieht mir eher so aus, als ob der Kernel seine Arbeit richtig macht: Die Datei ist geöffnet und der Inhalt liegt gecached im RAM.
Das ist auch erst mal kein Widerspruch dazu, dass der Apache zuverlässig läuft: sind die Files einmal gecached, dann geht das rasend schnell, egal wie langsam/schrecklich das unterliegende Storage ist.
Von daher würde mich eher interessieren, was passiert, wenn noch keine Dateien gecached wurden (z.B. direkt nach einem Neustart) und/oder Schreibzugriffe, falls z.B. die Datenbank auf dem selben Server liegt.
Von daher tippe ich auf ein hartnäckiges I/O Problem.