Zwei Punkte:
a) In limits.conf kann man lediglich die gesamte Anzahl der Prozesse des Users limitieren. Dazu gehören auch evtl. CGI-Scripte (per suExec gestartet), evtl. SpamAssassin, Email-Logins etc, etc.
b) Nach Änderungen an den Limits braucht der Server nicht neugestartet werden.
Dazu ein klares Jain!
Ohne weitere Erklärung solltest Du hier eher ulimit ansehen. Das kann man dann entsprechend ins Startscript mit einbauen und ist deutlich sicherer.
Zum andern, darfst Du nicht vergessen, daß Apache grundsätzlich ziemlich viele Threads aufmacht. Daher wird es schwer einen optimalen Wert zu finden.
Wegen dem Angriff:
Ich hab ein paar Threads hier zu Angriffen der letzten Tage gelesen. Es waren anscheinen alle XXS- (Cross-Site-Scripting) Angriffe auf PHP-Scripte.
Statt nur die Symtome zu bekämpfen, korrigiert besser die Auslöser.