Ersteres fuehrt nur den clamav-Scan durch, letzteres clamav+rkhunter.
Ich nehme an dass letzteres somit ist was du suchst.
Der Unterschied im Pfad (also mit respektiv ohne /bin/bash) ist irrelevant da die Skripte eine sogenannte Shebang-Zeile (die erste Zeile die mit #!... anfaengt) mitbringen in welcher sie angeben welcher Interpreter sie ausfuehren soll.
Du solltest aber die Cronjobs immer zeitlich etwas auseinander ansetzen, nicht alles zur gleichen Zeit