Auster du hast Root erzwungen kannst du normalweise nicht mit dem Benutzer Root in FTP einloggen (was ja auch ganz gut so ist )
Dementsprechend kannst du bei fehlendem DefaultRoot ~ zwar den gesamten Server sehen aber nur in die Ordner schreiben die Chmod 777 sind und/oder deinem Login-Benutzernamen gehören.
Für Datentransfers zum Server nimmt man am besten SCP (WindowsClient: WinSCP), welcher sich mit dem SSH-Benutzer einloggt und bedeutend sicherer ist.