Der "Onboard" Controller ist ein Pseudo-Raid Controller, der nur mit Windows funktioniert, da die Raid Funktionen über einen Treiber realisiert sind.
Besorge Dir einen ernsthaften Controller für PCIe, dann wird er auch erkannt werden. Echte HW Raid Controller erkennt man meist an einer eigenen CPU und Cache Speicher auf der Karte. Vernünftige Hersteller sind z.B. 3Ware, Promise, Adaptec, HP.