Hallo,
Du musst die 2 Scripte trennen:
Das Updatescript in Confixx schaut in regelmäßigen Abständen (man sollte das auf 1 Minute einstellen) in die Confixxdatenbank ob änderungen an Domains / Mail / Benutzern vorgenommen wurden, wenn ja werden die Änderungen ins System übernommen.
Das Webserverscript übernimmt die Domaineinstellungen in die Apache Config und lädt dannach den Apache neu.
Bei einem Apache RELOAD bleibt dein Server erreichbar (nehmen wir an jemand lädt genug in diesem Moment etwas größeres runter, wird er nicht gekickt). Allerdings bei einem RESTART ist er kurzfristig offline