Prinzipiell gibt es keinen Unterschied - beide Systeme sind in der Regel virtualisiert. Bei einem so genannten RootDS, ich glaube der Begriff wurde von Intergenia in die Welt gesetzt, hast du meist fest garantierte Ressourcen, bei einem VPS kannst du in der Regel auch mehr beanspruchen, solange das Hostsystem das zulässt.