Du aktivierst POP3 mit SSL-Verschlüsselung, indem du deinen Mailserver ordnungsgemäß konfigurierst.
Via Google bzw. auch in der Suche vom SSF findet man einige Beiträge, wie man einen Mailserver installiert und auch konfiguriert.
Benutzt du ein Admin-Panel, dann musst du natürlich so vorgehen, dass das Admin-Panel mit dem Mailserver bzw. den gemachten Einstellungen auch umgehen kann.
Da du meiner Einschätzung nach auf ein kostenloses Zertifikat zurückgreifen möchtest, müsstest du wohl openssl zum Erstellen eines Zertifikats bemühen.