Du kannst mySQL mit SSL verwenden. Dann ist die Übertragung genauso sicher wie bei Webseiten mit Authentifizierung.
Vorausgesetzt die Verbindung ist verschlüsselt, steht und fällt die Sicherheit mit den gewählten Zugangsdaten (also Stärke des Passworts / Usernamens) und wie restriktiv der Server eingerichtet wurde und die Benutzerkonfiguration eingestellt ist.
Demnach ist ein offener mySQL-Port genauso unsicher wie ein Mailserver.