Benutze schon länger kein Plesk, soweit ich mich erinnern kann musste man das Zertifikat für Postfix und Co schon immer manuell installieren.
Vielleicht kannst du Dir einen Vhost für Deine Mail-Domain anlegen und verlinkst die Zertifikate von Postfix zum Vhost. Da ja Web und Email-Server auf anderen Ports lauschen ist das egal oder inaktiv schalten. Das war jetzt nur so eine Idee