Netfilter ist eine Software innerhalb des Linux-Kernels, die es erlaubt, Netzwerkpakete abzufangen und zu manipulieren. Es bildet damit das Herzstück einer Firewall auf Basis von Linux.
Iptables ist das dazugehörige Dienstprogramm zur Konfiguration von Netfilter.
Die beiden Begriffe Netfilter und Iptables werden oft austauschbar für die Summe aus den Kernel- und den Userspace-Bestandteilen verwendet.
So schreibt es zumindest die Wikipedia
Ich nehme zum Beispiel Shorewall als Firewall, und bei Shorewall kann ich mit iptables garnichts anfangen. Als Beispiel eine einfache Shorewallregel
ACCEPT loc $FW tcp ssh