Wenn Du sicher bist,das alle Daten weg können welche dort liegen, dann per Konsole über den Root, betreffenden Ordner löschen. Danach noch mal das löschen über Plesk versuchen.
Je nach Auslastung des Servers (insbesondere des MySQL Dienstes) kann es hier zu Verzögerungen kommen die Plesk nicht abfängt. Gelegentlich bleiben auch Dateien von defekten Tabellen liegen.
Da Plesk aber nur das Verzeichnis und nicht den Inhalt versucht zu löschen, scheitert es, wenn da noch etwas drin ist. Hier hilft es entweder den Inhalt (und nur diesen!) manuell zu entfernen und/oder es später erneut zu versuchen.
Um die Konsistenz zu wahren, sollten möglichst keine Schritte, die die Automatisierungslösungen erledigen wollen, selbst auszuführen. Es sollte stets nur die Vorrausetzungen geschaffen werden, damit diese erfolgreich sein können. Ein Grundprinzip was auch bei anderen (komplexeren) Lösungen auf Dauer viel Arbeit spart.