Dovecot umstellen auf Mdbox (aka Multi Mbox) und die Größe anpassen. Damit hast du schon mal viel weniger Dateien was den Backupprozess beschleunigt. Oder ohne Umstellung, ne bessere Anbindung an die Maschine oder nen dickeres I/O Subsystem. Am besten beides.
Oder Komplizierte Variante: Verteiltes Dateisystem ala Ceph, XTFs und dann von der das Backup ziehen wenn die ne bessere Anbindung hat.
Sven