Ich weiß nicht, ob ich dich jetzt richtig verstehe.
Wenn du einem Kunden einen Webspace einrichten willst, musst du ja zwangsmäßig eine Domain einrichen. Wenn dies eine Subdomain ist, wird es dennoch von den Lizenzen abgezogen.
Aber du kannst ja beliebig viele Domainaliase einrichten. Es werden dann auch automatisch DNS-Einträge erstellt. Diese Domains weisen dann auf den selben Webspace, wie die Hauptdomain. Jetzt kannst du einfach in einer .htaccess mit mod_rewrite die entsprechende URL auf ein bestimmtes Verzeichnis weiterleiten.
LG Ufisch