Hallo,
in der confixx_main.conf die Variable $php_ini_file suchen. Die dort benannte php.ini ist die Vorlage für alle php.ini´s der Kunden.
In dieser Datei einfach den safe_mode auf off stellen. Beim nächsten Kunden ist dann der safe_mode aus, aber Achtung!!! die Einstellung zieht für alle Kunden, wenn du die php.ini´s der Kunden neuschreiben lässt z.B. durch Aufruf des confixx_updatescript.pl mit den Parametern -fa