Wenn du ein ScriptAlias (wie bei cgi-bin üblich) machst, dann ist per Definition alles was sich darin befindet ein CGI-Script - also auch deine PHP-Dateien.
Du kannst versuchen, ob ein ExecCGI in den Options bereits reicht.
Wenn nicht, dann musst du noch einen Handler (AddHandler) für die Dateierweiterung deiner Scripts definieren.