FTP war für mich noch nie eine Backup-Alternative. Höhstens als Notlösung, wenn wirklich sonst nichts anderes zur Verfügung steht.
Ich hab daher 2 Remote Backups mit rsync+Hardlinks. Eins auf einem billigen vServer und eins zu Hause.
Ersteres wird täglich automatisiert genutzt. Letzteres manuell wenn ich Lust und Zeit habe.