Module können vom Apache httpd nur serverweit geladen werden. Manche Module bieten allerdings von sich aus die Möglichkeit, in gewissen Kontexten (VirtualHost, Location, Directory, ...) deaktiviert zu werden. mod_php ist wohl eines der prominenteren Beispiele.
Ob das in deinem konkreten Fall geht, steht sicherlich in der Dokumentation des Moduls, um das sich deine Frage dreht.