Zusätzlich zu allen Sicherheitsmaßnahmen sollte man auch noch ein brauchbares Monitoring haben.
Die Überwachung geeigneter Kenngrößen (Traffic, CPU-Last, Mail-Zahl) auf ungewöhnliche Muster (nach oben wie nach unten) kann auch schon sehr viel sagen.
Wenn man die Möglichkeit hat, sollten sich verschiedene Server (idealerweise in getrennten Rechenzentren) gegenseitig als Loghost dienen und auch überwachen (Nagios, Munin,...).
Eine Prüfsummenliste aller Dateien hat man auch besser dezentral, idealerweise sogar ein Vollbackup.
Zuguterletzt sollte man soviel wie möglich davon automatisieren, damit man sich auch in Zeiten, wo man sich wenig kümmern kann (Berufsstress) oder will (Urlaub), darauf verlassen kann.
Ein abgestuftes Konzept (regelmäßige Status-Mails mit den wichtisten Kenngrößen, Warnmails bei leichten Ausreißern, SMS bei größeren) erleichtert zudem die Einordnung.