Ungestestet, aber wenn Notepad++ bereits installiert ist, sollte folgender Befehl (in einer Batchdatei) ausreichen:
assoc .ini=Notepad++_file
Der Dateityp "Notepad++_file" müsste meines Wissens vom Installer von Notepad++ angelegt werden, es sollte also nicht notwendig sein, den extra anzulegen...