Eigentlich ja, den Webserver solltest du aber Trotzdem mit mod_evasive/mod_security absichern. Für Mysql gibt es ein Tuning Script. (Forensuche)
Ich denke, dass das egal ist, die Abhängigkeiten werden dann so oder so aufgelöst.
Meines Wissens kann man die "normalen" Updates weiterhin...