Ich habe im Einsatz "Munin" "Monit" und "Nagios" kann ich dir empfehlen.
Vielleicht einen Schritt weiter gehen und ein IDS verwenden. OSSEC oder SNORT kann ich dir empfehlen.
Sichere deine PHP-,CMS (Joomla,Wordpress,etc) Webseiten ordentlich ab, sonst hilft dir auch das Setup kaum...