Eigentlich ist es nicht schlimm wenn sie nicht auf den Standartports laufen, bloss neue User könnte das vielleicht etwas verwirren, weil sie eben noch immer einen speziellen Port mitangeben müssen beim Verbinden.
Zu beachten gibts eigentlich nur, dass du keine Ports verwenden solltest die von anderen Programmen auf deinem Server genutzt werden wie:
21 FTP, 22 SSH, 80 HTTP, 113 POP3...etc