Ich habe ein SuSE 9.3 im laufenden Betrieb (gibt ja keine Rettungskonsole) auf Debian 4.0 migriert, funktionierte eigentlich problemlos. In einer VM Debian aufgesetzt und konfiguriert, dann den Dateibaum in ein Verzeichnis des Servers kopiert und anschliessend im mc die alten SuSE-Verzeichnisse gelöscht und die neuen Debian in die Wurzel kopiert. Der anschliessende Neustart ist dann die erste und einzige Chance. ;-)
MfG
Andreas
PS: Zu Sicherheit kann man sich auch einen statischen Build der GNU Coreutils anfertigen, um ein statisches cp und rm zu haben. Und wenn SuSE auf Debian geht, sollte wohl auch Debian 3.1 auf 4.0 möglich sein.