is full - Fehler

Don83

New Member
Hallo Leute,
ich habe gerade folgendes Problem:
Code:
UPDATE mbslice SET line_ltr_coverage=23.040023040023 WHERE mbslice_id='1'
DBD::mysql::st execute failed: The table 'mbslice' is full at repeat_slice_updater_all_final_ltr_lines.pl line 162.
DBD::mysql::st execute failed: The table 'mbslice' is full at repeat_slice_updater_all_final_ltr_lines.pl line 162

Meine Tabelle scheint VOLL zu sein. Ich kann mir das ganze aber irgendwie nicht erklaeren.
Also die Tabelle hat folgendes Schema:

Code:
| mbslice_id        | int(11)     | NO   | PRI | NULL    | auto_increment |
| chromosome        | varchar(10) | YES  |     | NULL    |                |
| start             | int(11)     | YES  |     | NULL    |                |
| end               | int(11)     | YES  |     | NULL    |                |
| genedensity       | double      | YES  |     | NULL    |                |
| genenumber        | int(11)     | YES  |     | NULL    |                |
| mirnanumber       | int(11)     | YES  |     | NULL    |                |
| gccontent         | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_human         | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_esc_mouse     | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_npc_mouse     | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_mef_mouse     | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_astro_mouse   | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_strict_mouse  | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_greedy_mouse  | double      | YES  |     | NULL    |                |
| lad_fly           | double      | YES  |     | NULL    |                |
| line_coverage     | double      | YES  |     | NULL    |                |
| sine_coverage     | double      | YES  |     | NULL    |                |
| ltr_coverage      | double      | YES  |     | NULL    |                |
| hic               | double      | YES  |     | NULL    |                |
| species           | varchar(50) | YES  |     | NULL    |                |
| rtd_esc           | double      | YES  |     | NULL    |                |
| rtd_npc           | double      | YES  |     | NULL    |                |
| rtd_lymph1        | double      | YES  |     | NULL    |                |
| rtd_lymph2        | double      | YES  |     | NULL    |                |
| rtd_mef_female    | double      | YES  |     | NULL    |                |
| rtd_mef_male      | double      | YES  |     | NULL    |                |
| dnase             | double      | YES  |     | NULL    |                |
| line_ltr_coverage | double      | YES  |     | NULL    |                |

Die Tabelle hat zwar 29 Spalten, aber nur 5982 Zeilen.
Also ca. 170.000 Felder. Meiner Meinung nach niht wirklich viel, nachdem ich auch andere Tabellen fuehre die ueber 4 Millionen Zeilen fuehren.

Ich habe hierzu etwas gefunden:
http://www.huschi.net/12_287_de-mysql-the-table-is-full.html
MySQL liefert bei einer sehr großen Datenbank plötzlich: "The table is full".
Dies kann Grundsätzlich drei Gründe haben:
a) Der Datenspeicher (Festplatte) ist voll.
b) Das Dateisystem kann keine größeren Dateien mehr verwalten.
c) Man hat mehr als 4G Einträge in der Datenbank-Tabelle.
Ich weis nun nicht, wie ich das ganze ueberpruefen kann. Jemand eine Ahnung?
 

Jammy

New Member
Ich tippe auf Festplatte voll.

Was sagt ein df -h in der Console?

Logs wären auch net schlecht
 

wstuermer

Blog Benutzer
Es kann durchaus noch mehr Gründe geben, da du die verwendete MySQLd Version nicht benannt hast.

Hilfreich wären nun die Ausgaben von:
Code:
df -h
df -i


Weiterhin könnte auch dieser Link bezüglich Zeigergrößen (ganz unten) noch interessant sein.
 

Don83

New Member
Hallo, also nochmal ganz kurz,
hier erstmal die Auswertung der DB:
Code:
mysql> SHOW TABLE STATUS;
+-----------------+--------+---------+------------+----------+----------------+-------------+-----------------+--------------+-----------+----------------+---------------------+-------------+------------+-------------------+----------+----------------+-----------------------+
| Name            | Engine | Version | Row_format | Rows     | Avg_row_length | Data_length | Max_data_length | Index_length | Data_free | Auto_increment | Create_time         | Update_time | Check_time | Collation         | Checksum | Create_options | Comment               |
+-----------------+--------+---------+------------+----------+----------------+-------------+-----------------+--------------+-----------+----------------+---------------------+-------------+------------+-------------------+----------+----------------+-----------------------+
| chromosomes     | InnoDB |      10 | Compact    |       52 |            315 |       16384 |               0 |            0 |         0 |             53 | 2011-05-26 15:37:14 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 0 kB     |
| dnase           | InnoDB |      10 | Compact    |   955514 |             42 |    40435712 |               0 |            0 |         0 |         970659 | 2011-04-28 11:34:49 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 38912 kB |
| ens_genes       | InnoDB |      10 | Compact    |        0 |              0 |       16384 |               0 |            0 |         0 |              1 | 2011-05-04 15:41:22 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 0 kB     |
| exons           | InnoDB |      10 | Compact    |   601740 |            161 |    97140736 |               0 |            0 |         0 |         672303 | 2011-04-21 13:37:47 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 7168 kB  |
| full_orth_genes | InnoDB |      10 | Compact    |    73930 |            204 |    15122432 |               0 |            0 |         0 |          75042 | 2011-05-10 11:23:36 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 4096 kB  |
| genes           | InnoDB |      10 | Compact    |    81626 |            186 |    15220736 |               0 |            0 |         0 |          98131 | 2011-04-21 12:14:31 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 4096 kB  |
| hic             | InnoDB |      10 | Compact    |     3221 |             55 |      180224 |               0 |            0 |         0 |           3034 | 2011-03-10 16:49:47 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 0 kB     |
| igrs            | InnoDB |      10 | Compact    |    79298 |            165 |    13123584 |               0 |            0 |         0 |          92615 | 2011-03-23 13:05:15 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 7168 kB  |
| introns         | InnoDB |      10 | Compact    |   525527 |            160 |    84541440 |               0 |            0 |         0 |         574174 | 2011-04-21 13:38:55 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 4096 kB  |
| lads            | InnoDB |      10 | Compact    |     9083 |            174 |     1589248 |               0 |            0 |         0 |           9151 | 2011-01-18 15:16:58 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 4096 kB  |
| mbslice         | InnoDB |      10 | Compact    |     5857 |            450 |     2637824 |               0 |            0 |         0 |           6346 | 2011-06-06 15:30:42 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 4096 kB  |
| mirnas          | InnoDB |      10 | Compact    |     1099 |            104 |      114688 |               0 |            0 |         0 |           1444 | 2011-03-15 12:41:45 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 0 kB     |
| orth_genes      | InnoDB |      10 | Compact    |     1967 |            191 |      376832 |               0 |            0 |         0 |           2053 | 2011-05-05 15:08:02 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 0 kB     |
| orthologues     | InnoDB |      10 | Compact    |      483 |            169 |       81920 |               0 |            0 |         0 |            501 | 2011-05-04 15:19:06 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 0 kB     |
| repeats         | InnoDB |      10 | Compact    | 10158665 |             60 |   614465536 |               0 |            0 |         0 |       10234488 | 2011-05-26 14:51:57 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 7168 kB  |
| rtds            | InnoDB |      10 | Compact    |  5791882 |             75 |   436109312 |               0 |            0 |         0 |        5862643 | 2011-03-15 14:54:22 | NULL        | NULL       | latin1_swedish_ci |     NULL |                | InnoDB free: 93184 kB |
+-----------------+--------+---------+------------+----------+----------------+-------------+-----------------+--------------+-----------+----------------+---------------------+-------------+------------+-------------------+----------+----------------+-----------------------+
Also ich habe in der DB auch Tabellen die groesser sind als die Problem tabelle.
Ich bin allerdings nicht der System admin, wegen der festplatte habe ich mal df-h eingegeben:
Code:
[batchjobs]$ df -h
Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/vg_asinus-lv_root
                       50G  9.9G   37G  22% /
tmpfs                 3.9G  516K  3.9G   1% /dev/shm
/dev/sda1             485M   67M  393M  15% /boot
/dev/mapper/vg_asinus-lv_home
                      1.8T  1.2T  630G  66% /home
vnfshome.binfo.wzw.tum.de:/exports/home
                      1.8T  1.2T  630G  66% /home
vnfshomedata.binfo.wzw.tum.de:/exports/data
                       13T  3.7T  8.3T  31% /home/data
vnfsapps.binfo.wzw.tum.de:/exports/apps
                      916G   85G  832G  10% /usr/apps
vnfswebclu.binfo.wzw.tum.de:/exports/webclu
                      916G  367G  550G  40% /webclu
vnfsscratch.binfo.wzw.tum.de:/exports/scratch
                       13T  3.7T  8.3T  31% /scratch

Kann es auch sein, dass eve der Speicher der DB beschraenkt ist? Ich muesste dann den sysadmin kontaktieren.
 

Cenic

Registered User
Du nutzt InnoDB, wo die Daten in Tablespaces gehalten werden. Für einen Tablespace gibt es eine Maximalgröße, bis wo per autoextend vergrößert werden kann. Dann ist Schluß. Vielleicht ist das dein Limit.
 
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